زمانى که هشام به مدینه آمد، امام در ضمن سخنانى فرمود: «سپاس خدایى را که حضرت محمد (صلى الله علیه و آله) را به پیامبرى برگزید و ما را به وسیله‌ى او مورد احترام و تکریم قرار داد. پس ما برگزیدگان خدا از میان مخلوقات او و خلفاى منصوب از جانب او هستیم، خوشبخت کسى است که از ما پیروى کند و بدبخت کسى است که ما را دشمن داشته و با ما مخالفت کند. »[23]
امام به عنوان نماینده‌ى این مکتب در مناظرات خود با دیگران می‌کوشیدند تا نظرهاى فقهى اهل بیت را اشاعه داده و در عین حال موارد انحراف اهل سنت را مشخص کرده و به مردم بنمایانند.
امام حتى از نظر بزرگترین علماى عصر خویش به عنوان میزان تشخیص از درست از نادرست شناخته شده بود و فراوان پیش می‌آمد که آنان عقاید خود را پیش آن حضرت عرضه می‌کردند تا به صحت و سقم آن واقف شوند.
ابوزهره پس از نقل یکى از جلسات مناظره ابو حنیفه با امام،‌چنین می‌نویسد.
«از این خبر، امامت باقر (علیه‌السلام) براى علما روشن می‌شود. آن‌ها پیش آن حضرت حاضر می‌شدند، حضرت عقاید و نظرات ایشان را نقد می‌کرد. گویا آن حضرت رییسى بود که به زیر دستانش حاکم بود، تا آنان را به شاهراه هدایت رهنوود شود و علماى آن عصر به ریاست او گردن نهاده و از او اطاعت می‌کردند.»[24]
یک بار عبدالله بن معمر (عمیر) لیثى نزد امام باقر (علیه‌السلام) آمد و پرسید: آیا این که شایع شده شما فتوا به حلیت متعه داده‌اید درست است؟ امام فرمود: «خدا آن را در کتابش حلال فرموده و سنت پیامبر بر آن قرار گرفته و یاران آن حضرت بدان عمل کرده‌اند. »
عبدالله گفت: اما عمر از آن نهى کرده است. امام (علیه‌السلام) پاسخ داد: «تو بر فتواى رفیقت باش و من بر حکم رسول خدا (صلى الله علیه و آله). »[25]
مکحول بن ابراهیم از قیس بن ربیع روایت می‌کند: از ابواسحاق درباره مسح بر خفین (چکمه) پرسیدم. در جواب گفت: مردم را می‌دیدم که مسح بر خفین می‌کردند تا شخصى از بنى هاشم را که محمد بن على بن الحسین(علیهم‌السلام) بود دیده و درباره‌ى مسح بر خفین از او سؤال کردم، فرمود: «امیرمؤمنان على (علیه‌السلام) بر خفین مسح نمی‌کرد و ( و آن حضرت می‌فرمود کتاب خدا نیز آن را تجویز نکرده است.»[26]
سپس ابواسحاق سخن خود را چنین ادامه می‌دهد: از وقتى که امام مرا نهى کرد من دیگر مسح بر خفین نکردم. قیس بن ربیع می‌گوید: من نیز از وقتى که این مسأله را از ابواسحاق شنیدم، دیگر مسح بر خفین ننمودم.
همان طور که می‌بینید امام در استدلالات خود از کتاب خدا و سنت دلیل می‌آوردند.
اصحاب امام باقر (علیه‌السلام) نیز در برابر استدلال‌هاى سست ابوحنیفه، در موضوعات فقهى ایستادگى کرده و او را از نظر فقهى محکوم می‌کردند. [27]
ایستادگى در برابر فرقه‌ها
امام باقر (علیه‌السلام) استدلالهاى اصحاب قیاس را به تندى رد کرد[28] و پس از آن حضرت ، فرزندش امام صادق (علیه‌السلام) هم با آنان مخالفت نمود. امام باقر (علیه‌السلام) در برابر سایر فرق اسلامى منحرف, نیز موضع تندى اتخاذ کرده و با این برخورد کوشیدند محدوده‌ى اعتقادى صحیح اهل بیت را در زمینه‌هاى مختلف از سایر فرق، مشخص و جدا کنند.
موضع‌گیرى امام در مقابل مرجئه بسیار قاطعانه و حساس بود. برخى از مرجئه صرف‌نظر از این سخن درست که ایمان لفظى یک فرد را از جمیع حقوق یک مسلمان در جامعه اسلامى برخوردار می‌کند، ایمان حقیقى را نیز تنها یک اعتقاد درونى دانستند و نقشى براى عمل صالح در آن قایل نبودند. افزون بر آن مرجئه با عقاید شیعه در باره‌ى دشمنان امیرمؤمنان (علیه‌السلام) مخالف بودند.
در موردى امام با اشاره به این فرقه چنین فرمود: اللهم العن المرجئه فانهم اعدائنا فى الدنیا و الاخرة؛ خداوندا مرجئه را از رحمت خود دور کن که آنها دشمنان ما در دنیا و آخرت می‌باشند. [29]
امام در مقابل خوارج نیز که در آن زمان کر و فرى داشتند موضع‌گیرى می‌کرد. از نظر آن حضرت، آنان متنسکین جاهل و گروهى خشکه مقدس, هستند که در عقاید خود متعصب و تنگ نظر بودند و درباره‌ى آنان فرمود: « خوارج از روى جهالت عرصه را بر خود تنگ گرفته‌اند، دین ملایم‌تر و قابل انعطاف‌تر از آن است که آنان می‌شناسند. »[30]
مبارزه با یهود و اسرائیلیات
از جمله گروه‌هاى خطرناکى که آن روزها در جامعه‌ى اسلامى حضور داشتند و تأثیر عمیقى در فرهنگ آن روزگار برجا گذاشتند،‌یهودیان بودند. شمارى از احبار یهود که به ظاهر مسلمان شده و گروهى دیگر که هنوز به دین خود باقى مانده بودند در جامعه اسلامى پراکنده شده و مرجعیّت علمى قشرى از ساده لوحان را به عهده داشتند.
تأثیرى که آنان بر فرهنگ اسلام از خود برجا نهادند، به صورت احادیث جعلى به نام «اسرائیلیات» پدیدار گشت که بیشترین قسمت این احادیث درباره‌ى تفسیر و مراتب و شؤون زندگى پیامبران پیشین، جعل شده بود.
از جمله دانشمندان اسلامى که این احادیث را در تألیفات خود وارد کرده،‌طبرى مفسر معروف است که بیشترین روایات را درباره‌ى تفسیر قرآن از منابع یهودى ـ با واسطه یا بی‌واسطه‌ ـ به دست آورده است. [31]
تلاش علمى یهود ـ در داخل جامعه‌ى اسلامى به ویژه در محافل علمى آن ـ در مسایل فقهى و کلامى نیز تأثیرى نگران کننده نهاد و این موضوع در تاریخ چنان روشن است که جاى کوچکترین تردید و شبهه‌اى در آن وجود ندارد.
مبارزه با یهود و القائات سوء آن‌ها در فرهنگ اسلام، بخش مهمى از برنامه کار ائمه طاهرین (علیهم ‌السلام) را به خود اختصاص داده بود. تکذیب احادیث دروغین و ساخته و پرداخته یهودیان در مورد انبیاى الهى و مطالبى که باعث خدشه دار شدن چهره‌ى ملکوتى پیامبران خدا شده است، در برخوردهاى ائمه اطهار (علیهم‌السلام) به خوبى دیده می‌شود.
در اینجا به نمونه‌اى اشاره می‌کنیم:
دو نفر پیش حضرت داود دعواى مطرح کرده و او را براى رسیدگى در این موضوع فراخواندند که آیات 23 و 24 سوره «ص» ناظر بر این جریان است.
دعوایى طرح شده از این قرار است که یکى از این دو نفر، 99 گوسفند داشت و آن دیگرى یک رأس. آن که یک گوسفند داشت از دست دیگرى شکایت کرد که برادرش با داشتن 99 گوسفند در نظر دارد یک رأس گوسفند او را نیز تصاحب نماید.
داود (علیه‌السلام) بدون استماع اظهارات نفر دوم چنین قضاوت می‌‌کند: قال لقد ظلمک بسؤال تعجبتک الى نهاجه ... با خواستن گوسفندتو و افزودن آن بر گوسفندان خود بر تو ستم روا داشته است... .
درباره‌ى این حدیث یهودیان احادیثى جعل کرده و میان مسلمانان رواج دادند مبنى بر این که این داستان کنایه از ازدواج داود با همسر «اوریا» است. طبق این احادیث جعلی، داود پیامبر به دنبال کبوترى بر پشت بام می‌رود و در آن‌جا که مشرف بر منزل «اوریا» بود، همسر او را می‌بیند و دل به او می‌بندد و به منظور رسیدن به هدف خود، « اوریا» را در صف مقدم جنگ قرار می‌دهد و او کشته می‌شود و داود با همسر او ازدواج می‌کند و خداوند در این آیات به طور سمبلیک به این مطلب اشاره می‌کند.
روشن است که این روایات دروغین تا چه حد و از چه جهتى می‌تواند شخصیت داود را به عنوان پیامبرى از فرستادگان خدا خدشه دار سازد. این احادیث که در عصر اول اسلام توسط افرادى همچون «کعب الاحبار» و « عبدالله بن سلام» رواج یافته بود، مورد حمله‌ى امام على بن ابیطالب (علیه‌السلام) نیز قرار گرفت. حضرت در این باره فرمود: «اگر کسى را که معتقد است داود (علیه‌السلام) با همسر اوریا ازدواج کرده، پیش من بیاورند بر او حد جارى می‌کنم، حدى به خاطر هتک نبوت و حدى دیگر براى اسلام. »[32]